Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,457,586 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,457,586 | 0 | A | T | 99.7% | 822.0 / NA | 342 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,457,587 | 0 | G | C | 99.7% | 815.3 / ‑6.6 | 342 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (177/164); minor base A (1/0); total (178/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,457,588 | 0 | C | G | 100.0% | 824.9 / NA | 342 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (178/164); total (178/164) |
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
GTAAAAAAAGCGTCTGCGCCAGGGCAAATCAGCGTAAATGATTTGCGCACGGTATTAACTATTTTACACCAGGCATAAGCAATAATATTTCGGCGGGAACACCCTCCCCGCCGAACTAAAAAATATATTCAATCGTATTTAATAAAAATATTTCGTGAGTCTCTGTGCGCTAATTCTCCATTTGGCGTAGGGAAAATCACATCTGAATCAGGAATTAACAATGAAACCTGTAAAACCACCTCGTATTAATGGACGAGTGCCGGTCCTGAGCGCACAGGAAGCGGTGAATTATATTCCCGACGAAGCAACACTTTGTGTGTTAGGCGCTGGCGGCGGTATTCTGGAAGCCACCACGTTAATTACTGCTCTTGCTGATAAATATAAACAGACTCAAACACCACGTAATTTAAGCATTATTAGTCCAACAGGGCTTGGCGATCGCGCCGACCGTGGTATTAGTCCTCTGGCGCAAGAAGGTCTGGTGAAATGGGCATTATGTGGTCACTGGGGACAAAGCCCGCGTATTTCTGAACTCGCAGAACAAAAT > CP042583/1457318‑1457864 ||| caaggcaaaactcggTAAATTATTTGGTCACGGTATTAAATATTTTACACCAGGCATAAGCAATAATATTTCGGCGGGAACACCCTCCCCGCCGAACTAAAAAATATATTCAATCGTATTTAATAAAAATATTTCGTGAGTCTCTGTGCGCTAATTCTCCATTTGGCGTAGGGAAAATCACATCTGAATCAGGAATTAACAATGAAACCTGTAAAACCACCTCGTATTAATGGACGAGTGCCGGTCCTGTCGGCACAGGAAGCGGTGAATTATATTCCCGACGAAGCaa < 2:3124087/275‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |