Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,459,378 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,459,378 | 0 | A | T | 100.0% | 949.3 / NA | 395 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (195/200); total (195/200) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,459,379 | 0 | G | C | 99.8% | 944.3 / NA | 395 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (195/199); total (195/200) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,459,380 | 0 | T | A | 100.0% | 958.8 / NA | 395 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (195/200); total (195/200) |
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
TTGTCCTGCCTGAAGCGGCTCATTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGAGTAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGATCCCGCCTATGCCCTGGCGTTGACGGAACCAGGTGCTGGCAGTGATAACAACAGTGCCACTACCACTTACACGCGTAAAAACGGCAAGGTCTACATCAACGGACAAAAAACCTTTATTACCGGTGCGAAAGAGTACCCGTATATGCTGGTGCTG > CP042583/1459108‑1459650 ||| ggCTCATTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTAcc < 1:1824595/287‑1 (MQ=255) cTCATTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACg > 1:2808994/1‑289 (MQ=255) aTTAACAGGAGTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCaa < 1:2205185/284‑1 (MQ=255) gTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCaa > 2:1345169/1‑281 (MQ=255) gTATAATGATGGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCaa < 1:1345169/281‑1 (MQ=255) tgatgGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTc > 1:3148268/1‑273 (MQ=255) atgGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATgc > 2:391851/1‑289 (MQ=255) atgGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATgc > 1:1895586/1‑289 (MQ=255) atgGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCCCCGCCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTCTTCAAAGTATg > 2:1827088/1‑288 (MQ=255) atgGATTTTTCTTTAACTGAAGAACAAGAACTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAAATTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGCTCAATGTATTCACAGTATgc > 1:803908/1‑289 (MQ=255) 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aagaacaagaacTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCaga > 2:20056/1‑289 (MQ=255) agaacaagacaTGCGGCTGGCCAGTATTGGATAACTAATTACGAATAACTTTCCTGAGGAGTAGTTCGGCACCTGCAATCAAAACTGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCAGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCagag < 2:2696753/289‑1 (MQ=255) aagaacTGCTGCTGGCCAGTATTCGCGAACTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGCAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATCCTGGCGCTGATGGATGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGGATTCACAGTATGCGTCGTTTCGGTTcctccgctcagct > 2:3068156/1‑277 (MQ=255) 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cTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCagag < 2:2484396/255‑1 (MQ=255) cTGATTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACg > 1:2871140/1‑263 (MQ=255) aTTACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGGATTGTCAAAATGCGGTGCCCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGTTTTTCCAGAGCAGCCACGTAAAACGTCAGAGAGCACCCTGGCAActg > 2:2565957/1‑287 (MQ=255) 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ttACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACgg < 1:859317/288‑1 (MQ=255) ttACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACgg < 1:2150294/288‑1 (MQ=255) tACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTc > 1:1737530/1‑212 (MQ=255) tACGACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTc < 2:1737530/212‑1 (MQ=255) gACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGAt < 1:1509273/289‑1 (MQ=255) gACTAACTTTCCGGAAGAGTATTTCCGCACCTGCGATCAAAACGGGACATATCCGCGTGAGTTTATGCGGGCGCTGGCGGATAACGGTATTTCCATGCTTGGCGTGCCGGAAGAATTTGGTGGTATCCCTGCGGATTACGTCACCCAAATGCTGGCGCTGATGGAAGTGTCAAAATGCGGTGCTCCGGCATTTTTAATTACCAACGGTCAATGTATTCACAGTATGCGCCGTTTCGGTTCTGCAGAGCAGCTACGTAAAACGGCAGAGAGCACCCTGGAAACGGGTGAt < 1:1251398/289‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |