| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,473,786 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,473,786 | 0 | A | T | 99.7% | 918.4 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,473,787 | 0 | C | G | 99.5% | 904.0 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (191/185); minor base T (0/2); total (191/188) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,473,788 | 0 | T | A | 99.5% | 914.9 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (191/186); minor base G (0/2); total (191/188) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
CAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGGCTTAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCAACTTTTTAGTAATTCCAACTGCTCACTAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAGGAAATAGCAATCAGAATGATAAAGATTCTCCAAAAAAATCTTCATGGTAACCGTCCCTCTCGAAGGATGTTTTTCAGTATCCGGCTAAAAGGGATGAGGCCATAAGACATAACAATTACAGAAGGAGTAACTTTCATTTGT > CP042583/1473506‑1474067 ||| cGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCaa > 2:2212482/1‑289 (MQ=255) 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acacTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTgcgc < 1:2709483/262‑1 (MQ=255) acacTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGaa > 1:1410495/1‑288 (MQ=255) acttgcgatAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCg > 2:2573908/9‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |