| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 487,222 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 487,222 | 0 | A | T | 99.3% | 722.4 / ‑3.0 | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 487,223 | 0 | G | C | 100.0% | 723.1 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (162/141); total (162/141) | |||||||||||
| * | CP042583 | 487,224 | 0 | C | G | 100.0% | 722.2 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (162/141); total (162/141) | |||||||||||
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
CTGACTAGCCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGAGTGGAAGCTACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGAAGTTAGCGCCGAAGGTCTGCGCATTGTGCTGGAAGCGGGTATTCGCGAGCCGATGATCATGCGGGCCAATCAGGCGCTGTATGCGCAATTACACCCCATAAAAGAATCCATTTTC‑TGGCGTCAGGTTGACGGCGGACATGATGCGCTTTGTTGGCGCGGT‑GGCTTGATGCAGGGGCTAATCGACCTCTGGCAACCACTTTT > CP042583/486946‑487490 ||| tgacttcgcTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGTCAGGATCGTACTGGTGGc < 2:1365424/280‑1 (MQ=255) 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CTGACTAGCCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGTAATGCGGATTTCTGGCTCGCAGTACAGCAAGAGTTATTACCCCTGGTGAAAGCTATTGCCCCTTTTAGCGATCGTGCCGATCGCACCGTGGTTGCCGGGCAGAGTTTTGGTGGGCTTTCCGCGCTGTATGCCGGACTGCACTGGCCTGAACGCTTTGGCTGTGTATTAAGCCAGAGTGGAAGCTACTGGTGGCCGCATCGGGGCGGGCAGCAAGAGGGCGTGTTACTTGAAAAGCTAAAAGCTGGTGAAGTTAGCGCCGAAGGTCTGCGCATTGTGCTGGAAGCGGGTATTCGCGAGCCGATGATCATGCGGGCCAATCAGGCGCTGTATGCGCAATTACACCCCATAAAAGAATCCATTTTC‑TGGCGTCAGGTTGACGGCGGACATGATGCGCTTTGTTGGCGCGGT‑GGCTTGATGCAGGGGCTAATCGACCTCTGGCAACCACTTTT > CP042583/486946‑487490 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |