Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,482,713 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,482,713 | 0 | A | T | 100.0% | 849.8 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,482,714 | 0 | C | G | 100.0% | 843.4 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (172/179); total (172/179) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,482,715 | 0 | T | A | 99.7% | 840.5 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (171/179); minor base C (1/0); total (172/179) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
AGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCACTTTCCACCTCTTTATCACCACAGACCAGCATATATGGGACGCGACGCAAAGTGTGCTCGCGGATTTTAAAGCCAATCTTCTCATTTCTCAAGTCTGCTTTAACACGAATGCCCGCATTACTTAGTTTTTGCGTCAATTCGTTAACGTATTCAGACTGACTATCGGTAATATTCATGATAACAACCTGAACCGGCGCAAGCCAGGTCGGGAAGAAACCAGCGAACTCTTCGGTCAGGATACCGATGAAACGTTCCATGCTCCCCAGAATTGCGCGGT > CP042583/1482433‑1482990 ||| aGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCAc < 1:885071/289‑1 (MQ=255) ttcttcTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATcacc < 1:2853061/288‑1 (MQ=255) tcttctTTCTCCAAAGCGTCTCCCAGACTCCCAATACCACGCTGCTCG‑CTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATCACCACAGAc < 2:3186785/289‑1 (MQ=255) tctGCTTTCTCCAGGGCTTCCTCCCGACTCCCAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCTAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATCACCACAGa < 2:724560/289‑1 (MQ=255) tctGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATCACCACAGa < 2:37380/289‑1 (MQ=255) tctGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATCACCACAGa < 2:2259338/289‑1 (MQ=255) tctGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATCACCACAGa < 1:480013/289‑1 (MQ=255) ctGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATCACCACAGAc < 1:2258203/289‑1 (MQ=255) ctGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATCACCACAGAc < 1:1203721/289‑1 (MQ=255) ctctcCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAGGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATCACCACAGACCAGCa < 2:2426558/288‑1 (MQ=255) 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acaATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCCCCTCTTTATCACCACAGACCAGCATATATGGGACGCGACCCAAAttgt > 2:1814544/1‑289 (MQ=255) acaATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACctc > 1:580150/1‑245 (MQ=255) aaGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATCACCACAGAcc > 2:2618983/1‑253 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |