| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,491,391 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,491,391 | 0 | A | T | 99.5% | 940.2 / NA | 394 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,491,392 | 0 | G | C | 99.8% | 947.6 / NA | 394 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (203/190); minor base T (1/0); total (204/190) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,491,393 | 0 | T | A | 99.8% | 951.7 / NA | 394 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (204/189); minor base G (0/1); total (204/190) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 394 total aligned reads displayed.
AATGCAGGTATAAAAATCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGAGTACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGAT‑TACTTATCGACAGTGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTAGTCTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTGCGCGAAGCCGTTGCGTTATGCAAAGAACAAGGTTTATTGGTGGGACTGG > CP042583/1491111‑1491670 ||| aaTGCAGGTATAAAAATCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGAT‑TACTTATCGACTCAGAACCt > 2:634071/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |