Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,500,793 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,500,793 | 0 | A | T | 99.7% | 850.7 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (169/182); total (170/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,500,794 | 0 | C | G | 99.2% | 839.7 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (167/182); minor base T (3/0); total (170/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,500,795 | 0 | T | A | 99.7% | 847.9 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (168/182); total (170/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
GCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACACTATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGACTTTTGGCACTCAACGCCACCATATTCTCCAGCGCGCTTTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTACATCATCAATCACCTGTTCTTCGCGGTAATGACGTAAACGGTTAATGACATAAAAAGTAACCATCTCAACAAACTCTTCCAGCCCTGTTTCGCGGAAATTCAAACTAGAAATCACTGTTTCCACATAGGTGAGAAAAGCGTTATTGGTCCGGTATACCTGGCTAGCGACAAAGCAATAAGGCAA > CP042583/1500518‑1501074 ||| cAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGctgaca > 1:2004431/1‑283 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |