Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,502,953 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,502,953 | 0 | A | T | 99.7% | 788.2 / NA | 327 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,502,954 | 0 | C | G | 100.0% | 784.5 / NA | 327 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (171/156); total (171/156) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,502,955 | 0 | T | A | 100.0% | 791.1 / NA | 327 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (171/156); total (171/156) |
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
TAAACATTTCTGCCACCACCAGGCCAATAATAATCCCGGAGATGATATTCGCCCCACCTAACCAGTTTGCACCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTACTGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAATAAAAAAAGCTCCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGGCTTGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGG > CP042583/1502676‑1503233 ||| caGGCCAATAATAATCCCGGAGATGATATTCGCCCCACCTAACCAGTTTGCACCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAATaa < 1:103382/289‑1 (MQ=255) 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CP042583/1502676‑1503233 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |