Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,503,145 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,503,145 | 0 | G | C | 99.7% | 672.2 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (155/128); total (156/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,503,146 | 0 | C | G | 100.0% | 674.1 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (156/129); total (156/129) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,503,147 | 0 | T | A | 100.0% | 681.2 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (156/129); total (156/129) |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
GGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTACTGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAATAAAAAAAGCTCCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGGCTTGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGGCTGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTG > CP042583/1502870‑1503426 ||| tGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAATAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACAtt < 2:555062/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |