| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 489,383 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 489,383 | 0 | A | T | 99.4% | 763.5 / ‑6.1 | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (143/176); minor base G (2/0); total (146/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 489,384 | 0 | G | C | 99.7% | 767.8 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (145/177); total (146/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 489,385 | 0 | C | G | 99.7% | 766.4 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (145/177); total (146/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
GGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCAGCGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGAGCCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTAGTCAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGT > CP042583/489103‑489661 ||| gtggCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTa < 1:1215464/288‑1 (MQ=255) aCAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTaccac < 2:2256493/288‑1 (MQ=255) aCAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTaccac < 1:2851640/288‑1 (MQ=255) aaGCGGCAAAAACACCGGATGCGCCGGCGCTGGCAGATGCGGGTGACCGGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCGGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACcga < 2:2131063/289‑1 (MQ=255) acCGGCTGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTGACCTGGTCAGCGATCGGGAAATGGGCGAGCAGGTGGTGGGGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCcg < 2:2808264/289‑1 (MQ=255) acCGGAGGCTCAGGCGCTGGGGGATGCGCGTTACCTTTGCGGGCATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGAGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCcg < 2:2956134/289‑1 (MQ=255) tGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTc < 1:1868467/288‑1 (MQ=255) aTGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGACGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGGTAATTACCACCGACGATTAACGGCCGGCCTTTAACGCTGTTCCCAAttt > 2:1039133/1‑289 (MQ=255) cgcgGTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTaa < 2:2214144/288‑1 (MQ=255) gTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACaa > 1:2818857/1‑288 (MQ=255) tACCTGTTCGGCTATGTGGAAATGGGCGAGCAGGTGGGGGCGCGGGCGGATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGGGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGc < 2:519086/288‑1 (MQ=255) ccTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCtt < 1:2038556/289‑1 (MQ=255) actggggagtGCGCGAGCAGGGGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTTCGTGATCGCGGCGTTAAACCATGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGc < 2:2663649/280‑1 (MQ=255) aTCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCaa > 1:1669481/1‑239 (MQ=255) aTCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGc < 1:2112535/289‑1 (MQ=255) gggAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGCTCAACTGCCCCGCTTTAGCGATGTTCCCCATTTAACAAGCCTTTTCTATAACGccc > 2:1476172/1‑288 (MQ=255) 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1:3029948/269‑1 (MQ=255) cGTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTCGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGAACAACTGCCGAGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGACCCGCTTACACCCCAGGCCAGTGCGCCGCCGCCACTTTCACAACAGCATAACACCGcctctagactcctta > 2:1975729/1‑273 (MQ=255) gTGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGGCCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTTCACAACCGCATCACACGGCTTATATCATCtt < 1:389281/284‑1 (MQ=255) tGGCGGTGGCACTACCGCGCTCGGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGTCGCTGTTaa > 2:424851/1‑147 (MQ=255) 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GGTGGCAGAACAAGCGGCAAAAACACCGGATGCTCCGGCGCTGGCAGATGCGCGTTACCTGTTCAGCTATCGGGAAATGCGCGAGCAGGTGGTGGCGCTGGCGAATCTGCTGCGTGAGCGCGGCGTTAAACCAGGGGACAGCGTGGCGGTGGCACTACCGCGCAGCGTCTTTTTGACCCTGGCACTCCATGCGATAGTTGAAGCTGGAGCGGCCTGGCTACCGCTGGATACCGGCTATCCGGACGATCGCCTGAAAATGATGCTGGAAGATGCGCGTCCGAGCCTGTTAATTACCACCGACGATCAACTGCCGCGCTTTAGCGATGTTCCCAATTTAACAAGCCTTTGCTATAACGCCCCGCTTACACCGCAGGGCAGTGCGCCGCTGCAACTTAGTCAACCGCATCACACGGCTTATATCATCTTTACCTCTGGCTCCACCGGCAGGCCGAAAGGGGTAATGGTCGGGCAGACGGCTATCGTCAACCGCCTGCTTTGGATGCAAAATCATTATCCGCTTACAGGCGAAGATGTCGTTGCCCAAAAAACGCCGTGCAGT > CP042583/489103‑489661 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |