| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,509,763 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,509,763 | 0 | G | C | 100.0% | 754.5 / NA | 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (160/153); total (160/153) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,509,764 | 0 | C | G | 99.4% | 729.4 / ‑2.6 | 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (159/151); minor base T (1/1); total (160/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,509,765 | 0 | T | A | 99.7% | 739.9 / NA | 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (158/153); total (160/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
TTACTCACGGCAATCACGTCATTATGAAAAACGCCCTGGTCGATAACGTCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCGCTATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGGCTTTCAGTGACGGGCGCTTCCAGGCTACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGCCGCATTGGCTACCCACATTGGGCTAGCGGAACTGACGCTGGAAAGCCAGTGCGGTGCCTGGCGTGCAACTTTTTCCAGTACCTGCTCATCGCTACCACTGAATCCCAACTGACGCAGCACCGGAAT > CP042583/1509485‑1510044 ||| ttACTCACGGCAATCACGTCATTATGAAAAACGCCCTGGTCGATAACGTCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGAc > 1:212204/1‑287 (MQ=255) aCTCACGGCAATCACGTCATTATGAAAAACGCCCTGGTCGATAACGTCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTa > 2:2020684/1‑289 (MQ=255) tcgAAAAGCGCCCTGGTGGATAACGGCCGCGTTTTGCTGGG‑GGAAATCACCTGTTGGGGATTCAACTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGGGTCTGTCGCGGCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTaaaaa < 2:2640365/287‑1 (MQ=255) aaaaCGCCCTGGTCGATAACGTCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATc > 2:85581/1‑288 (MQ=255) aaaaCGCCCTGGTCGATAACGTCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATc > 1:526547/1‑288 (MQ=255) aaaaCGCCCTGGTCGATAACGTCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATc < 2:2088948/288‑1 (MQ=255) cGCCCTGGTCGATAACGTCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCttt > 1:1404691/1‑289 (MQ=255) cGCCCTGGTCGATAACGTCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGGGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAACAACGCCACCTGTGGCACCGCCGAATGGACCCTAAATTTCTCCTCGTCGTTAAAAATCCCttt > 2:12560/1‑289 (MQ=255) cGTCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGt > 1:2423112/1‑289 (MQ=255) tCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTg > 1:1527208/1‑288 (MQ=255) ccGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTtcg > 2:1072969/1‑254 (MQ=255) ccGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGAc > 1:1686778/1‑289 (MQ=255) gTTTTGCTGGGCGAAAATCCCCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACggg < 1:78126/288‑1 (MQ=255) tttGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGgcgc < 2:2423112/289‑1 (MQ=255) tGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCATAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCt > 2:2004899/1‑288 (MQ=255) aCCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATCACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTACACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGGGGTTTTCCGCCCACGCATCGCCGAGCAACGCTACGTTGTGCCACGCCGGATGGACGGTAAATTTCTCTTCGTCTTTAAAAATCGATTTTAAAAGCGATTAAGTTCCGGGCGCTGCCAGGCAACGGTTaa > 2:127652/1‑289 (MQ=255) tgttgtGGATTCACCTGATTCCGCCTTGGCACCGCCCCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCAGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAAtt < 2:2549179/289‑1 (MQ=255) aCCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGt > 2:323901/1‑289 (MQ=255) atcctgccttcaacccGCCCGGCTGTGTTGGCGAGTGTGTCGCGCCGGATAACGGGGAGGCCGTGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCa < 2:2365364/275‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |