| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,509,811 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,509,811 | 0 | G | C | 100.0% | 776.1 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,509,812 | 0 | C | G | 100.0% | 772.4 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (162/162); total (162/162) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,509,813 | 0 | T | A | 99.1% | 759.8 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base A (160/159); total (162/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
CGTCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCGCTATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGGCTTTCAGTGACGGGCGCTTCCAGGCTACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGCCGCATTGGCTACCCACATTGGGCTAGCGGAACTGACGCTGGAAAGCCAGTGCGGTGCCTGGCGTGCAACTTTTTCCAGTACCTGCTCATCGCTACCACTGAATCCCAACTGACGCAGCACCGGAATAAACGGACGCTCGTGCGGCGGGATCACGGCCTGGGGGAATCCCGC > CP042583/1509531‑1510089 ||| cGTCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGt > 1:2423112/1‑289 (MQ=255) ccGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGAc > 1:1686778/1‑289 (MQ=255) aCCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATCACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTACACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGGGGTTTTCCGCCCACGCATCGCCGAGCAACGCTACGTTGTGCCACGCCGGATGGACGGTAAATTTCTCTTCGTCTTTAAAAATCGATTTTAAAAGCGATTAAGTTCCGGGCGCTGCCAGGCAACGGTTaa > 2:127652/1‑289 (MQ=255) tgttgtGGATTCACCTGATTCCGCCTTGGCACCGCCCCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCAGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAAtt < 2:2549179/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |