| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,509,835 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,509,835 | 0 | G | C | 99.4% | 789.2 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,509,836 | 0 | C | G | 99.4% | 787.1 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (162/168); total (164/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,509,837 | 0 | T | A | 99.7% | 793.2 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (162/169); minor base G (1/0); total (164/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
ACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCGCTATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGGCTTTCAGTGACGGGCGCTTCCAGGCTACGGTG‑AAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGCCGCATTGGCTACCCACATTGGGCTAGCGGAACTGACGCTGGAAAGCCAGTGCGGTGCCTGGCGTGCAACTTTTTCCAGTACCTGCTCATCGCTACCACTGAATCCCAACTGACGCAGCACCGGAATAAACGGACGCTCGTGCGGCGGGATCACGGCCTGGGGGAATCCCGCATCGGCAAGGGCTTTCATTTTCAGTA > CP042583/1509557‑1510115 ||| aCCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTG‑AAATTTATTGTTCAGGt > 2:323901/1‑289 (MQ=255) ttCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTTTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTG‑AAATTTATTGTTCAGGTTGGCa < 1:1347243/288‑1 (MQ=255) cAGCGTTGACACCGCGCCGCTGGCTTGGCGAGTCTGTGCGGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTG‑AAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACg < 2:2920978/289‑1 (MQ=255) gCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTG‑CAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGt > 1:2510121/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |