| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 1,513,137 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,513,138 | 0 | C | G | 99.7% | 846.6 / NA | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (178/177); total (178/178) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,513,139 | 0 | T | A | 99.7% | 848.7 / NA | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (177/178); total (178/178) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 356 total aligned reads displayed.
ACATTGAGCGCAGGCGCAAAACGCACCACGTTGCCACCCGCAATCAGTACCATCACGCCTGCTTTCGCCGCTTCCTGAGAGATCTGTTTCGCTTGCCCGGCGTAATCGGCATTCAGTACACAGCCAATCAGCAAACCTAAGCCGCGAACTTCACTGAACAAACCATAGCGGTGATTAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACG‑CCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCACCGCGCTGGCCAGCGGATTACCGCCATAGGTGGTGCCATGAGTGCCAACGGTCATCACGCGGGCGCACTCTTCGGTTGCCAACAACGCACCGACCGGGAAACCGCCGCCCAGCGCTTTGGCGGTAGTTAACAGATCAGGCGTCACGCCGTAGTGCATATAGGCATACAGTTCCCCGGTGCGCCCGACGCCGGTTTGTACTTCATCAAAAATCAACAGCGCATTGTGGCGGTTACACAATTCACGCAGACCTTGTAAAAACGCGTTGCTGGCTGGCACCACACCG > CP042583/1512862‑1513416 ||| cATTGAGCGCAGGCGCAAAACGCACCACGTTGCCACCCGCAATCAGTACCATCCCGCCTGCTTTCGCCGCTTCCTGAGAGATCTGTTTCGCTTGCCCGGCGTAATCGGCATTCAGTACACAGCCAATCAGCAAACCTAAGCCGCGAACTTCACTGAACAAACCATAGCGGTGATTAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACG‑CCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCACCGCCGAGGCCAGCGGAtt < 2:29952/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |