Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,519,329 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,519,329 | 0 | A | T | 99.3% | 667.6 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (150/130); total (151/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,519,330 | 0 | G | C | 99.3% | 660.3 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (150/129); total (151/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,519,331 | 0 | C | G | 99.7% | 667.1 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (150/131); total (151/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
TCCTGCTCAGTCCCGATGCGCAACTGCGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAAAGTTTGCAAAGTAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATAAGCCCTGCTTTGAGCTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGCCGATCCACAGTTACCGCAGGCATTACTGGCAACGCTGGTGAGCACAACCATCGCGGCGGTCGGGGCATTGTTGATTGCCCTGCTGGTGATTGTGGCGCTGTGGCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTC > CP042583/1519049‑1519608 ||| tCCTGCTCTCACCCGATGCGCAACTGCGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCt < 1:2816048/289‑1 (MQ=255) gctctcacccGATGCGCAACTGCGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTgt < 1:3030673/282‑2 (MQ=255) acccGATGCGCAACTGCGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTgtcgttg > 1:1137025/2‑282 (MQ=255) aCTGCGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAgg < 2:2840695/289‑1 (MQ=255) tAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTAt > 1:2293409/1‑289 (MQ=255) aGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTg < 2:453594/289‑1 (MQ=255) aGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGcc < 1:570357/288‑1 (MQ=255) gATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGCCGa > 1:1770438/1‑289 (MQ=255) aTCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCt < 1:1389773/253‑1 (MQ=255) aTCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTgt < 2:1744585/257‑2 (MQ=255) aTCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGCCGa > 1:1832952/1‑288 (MQ=255) aTCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATT‑CAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGCCGAt > 1:3087250/1‑288 (MQ=255) tCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGCCGATc < 1:1894248/289‑1 (MQ=255) cccGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGCCGATcc < 2:710230/289‑1 (MQ=255) tCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCCCGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTGATTTGCCGCTCAACAGTTActcccggcct > 2:2528752/1‑280 (MQ=255) tCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCCGGCGTTATTTTCCGATCCACATTTACCTCAGGCAt > 2:1934710/1‑289 (MQ=255) tCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTg > 1:2240718/1‑265 (MQ=255) tCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGCCGATCCACAGTTACCGCAGGCAt > 1:454413/1‑289 (MQ=255) ctcGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGCCGATCCACAGTTACCGCAGGCATTa < 2:323656/281‑1 (MQ=255) 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tgcaatcaaGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTgg < 2:983224/194‑1 (MQ=255) tgcaatcaaGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGCCGATCCACAGTTACCGCAGGCATTACTGGCAACGCTGGTGTCGACAACCATCGCGGCGGTCGGGGCAttgttg > 1:1567902/9‑289 (MQ=255) caaGAAGGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACGGGGTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGGGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGCCGATCCACAGTTACCGCAGGCATTACTGGCAACGCTGGTGTCGACAACCATCGCGGCGGTCGGGGCATTGTTGATTGcc < 2:2033957/287‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |