| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,534,066 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,534,066 | 0 | A | T | 99.4% | 826.6 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (176/171); minor base C (2/0); total (179/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,534,067 | 0 | G | C | 99.1% | 814.7 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (177/170); total (179/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,534,068 | 0 | C | G | 98.9% | 815.5 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base G (176/170); total (179/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
TGCCGGCGTAATTGGCGGTGCAGATATGACTGTAGAAGCCACGCTAACCAAACTGCATTACCTGCTTAGCCAGGAACTGGATACTGAAACCATTCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATG‑CCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAAATGATTTCTGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGAGCCGCGGTGAAGCGGTTATCGCCAGTCAGGACTGGCACCCGGCGAATCACGGCAGTTTTGCCAGTCAGCACGGTGTAGAGCCTTATACGCCAGGCCAACTCGACGGTTTGCCACAAACCTTCTGGCCAGATCACTGTGTGCAGAACAGTGAAGGCGCACAATTACATCCGTTACTGCACCAAAAAGCGATCGCAGCGGTGTTCCATAAAGGCGAAAATCCTTTAGTTGACAGTTACAGTGCCTTTTTTGATAACGGCCGTCGGCAGAAAACCTCTC > CP042583/1533788‑1534342 ||| tgCGGTGCAGATATGGCCTTAGAACCCACGCCAACCAAACTGCATTACCTGCTGAGCCAGGAACTGGATACCGAAACCAATCGCAAGGCCATGAGCCAAAACCTGCGCGGCGAACTGACGCCGGATGATTAAGGAGACTGTAATG‑CCCCCTCGCGCCCTGTTACTGGTCGATTTACAAGATGATTTCGGTGCTGGTGGCGCGCTCGCCGTGCCGGAAGGTGACAGTACGGTGGATGTCGCTAACCGCCTGATTGACTGGTGCCAGTCGCGCGGTGAAGCGGTTATCg < 2:2028167/286‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |