Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,535,208 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,535,208 | 0 | G | C | 99.7% | 906.5 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,535,209 | 0 | C | G | 99.7% | 900.4 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (195/183); total (195/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,535,210 | 0 | T | A | 100.0% | 915.3 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (195/184); total (195/184) |
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
AAACATACATGTATAAAAAGAAGATCATCACCAGTCCATAGATTAAAATCGCCCACTCTGTAGTCTGAATACTATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATACTTTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGGCTAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGTTGCTCTGATAGCTAGTAAGCGGGGGTAAACGAATACTCTTCTCTCTTTCAATTTGCTGCTCTACTTCACGAAGTTGGCATTCTGCACCTGCGATTTGCCCTTTCCCTGCCAGCCATCGTGGGCTCTCGATAAAGTATTTACCACTGAGAAACCAGGCTAACAGTATGCCAATAC > CP042583/1534934‑1535488 ||| catGTATAAAAAGAAGATCATCACCAGTCCATAGATTAAAATCGCCCACTCTGTAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTaaa > 1:109802/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |