| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,536,209 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,536,209 | 0 | A | T | 100.0% | 650.6 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (130/139); total (130/139) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,536,210 | 0 | C | G | 100.0% | 639.0 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (130/139); total (130/139) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,536,211 | 0 | T | A | 99.6% | 641.5 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (128/139); total (130/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
AACCCTGTTAATAACAGACTAAAGCTTATAATACCAAATATACGATAATGAAACCGGGCCAAAGGCAAGCGGTCCAGTCTTGCGCCAATTTGATCATATTGTTCCATTAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGACTTTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGACTAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCA > CP042583/1535929‑1536485 ||| aaCCCTGTTAATAACAGACTAAAGCTTATAATACCAAATATACGATAATGAACCCGGGCCAAAGGCAAGCGGTCCAGTCTTGCGCCAATTTGATCATATTGTTCCATTAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCTGCAAATTCACTTGCCGCATCCTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATc < 1:270763/289‑1 (MQ=255) tGTTAATAACAGACTAAAGCTTATAATACCAAATATACGATAATGAAACCGGGCCAAAGGCAAGCGGTCCCGTCTTGCGCCAATTTGATCATATTGTTCCATTAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGtta > 2:2314446/1‑289 (MQ=255) taataaCAGACTAAAGCTTATAATACCAAATATACGATAATGAAACCGGGCCAAAGGCAAGCGGTCCAGTCTTGCGCCAATTTGATCATATTGTTCCATTAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGttatta < 1:1278152/289‑1 (MQ=255) aataaCAGACTAAAGCTTATAATACCAAATATACGATAATGAAACCGGGCCAAAGGCAAGCGGTCCAGTCTTGCGCCAATTTGATCATATTGTTCCATTAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTtattat < 1:1060770/289‑1 (MQ=255) 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AACCCTGTTAATAACAGACTAAAGCTTATAATACCAAATATACGATAATGAAACCGGGCCAAAGGCAAGCGGTCCAGTCTTGCGCCAATTTGATCATATTGTTCCATTAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGACTTTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGACTAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCA > CP042583/1535929‑1536485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |