| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,536,491 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,536,491 | 0 | A | T | 100.0% | 853.1 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,536,492 | 0 | C | G | 99.7% | 836.5 / ‑4.7 | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (184/166); minor base A (1/0); total (186/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,536,493 | 0 | T | A | 100.0% | 852.2 / NA | 352 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (186/166); total (186/166) | |||||||||||
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
TTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTT‑ACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGACTAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTACTAACGACTTTAATTTCACTCTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCGCTGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAAGCTACTAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAG > CP042583/1536212‑1536770 ||| tttATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTT‑ACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACt > 1:221134/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |