Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,537,098 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,537,098 | 0 | G | C | 100.0% | 876.2 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,537,099 | 0 | C | G | 100.0% | 872.3 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (182/182); total (182/182) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,537,100 | 0 | T | A | 99.5% | 867.8 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (180/181); minor base C (1/1); total (182/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
TACCTGAAAAATCCCACTCAAATTACTGACTGTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCGCTTAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATAACGAGCACAAAGTGGCTGCCACTGTTCAAGCATATCAATCACTTTCAGCATGTTTTCACGCTGGAACCAGACTTTATTTGCCCGAGCGCCGCCCGGAACGTAATCACGAGTGATGGTGCCGGTCAACAATCCCTGCTCTAGCGGGGAA > CP042583/1536818‑1537377 ||| tACCTGAAAAATCCCACTCAAATTTGAGACTGTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGtt > 2:3091107/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |