| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 491,920 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 491,920 | 0 | A | T | 98.8% | 586.8 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 491,921 | 0 | G | C | 99.6% | 586.0 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (139/107); minor base T (0/1); total (140/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 491,922 | 0 | T | A | 100.0% | 595.8 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (140/108); total (140/108) | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
GGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGAGTAGTCTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGAGCCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCAGTGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGCAAGAGTTGGAGAAAAGTTTCACTAAGCTTCGTGTGCTGGATCTGGATATCAAAATTGATCGTACAGAAGCATTTAACCTGTTTATCAAGAAGTTTCAGAGCGTTAGCTTGCTGGAAGAGTACCTGCGTAGTAG > CP042583/491649‑492191 ||| tgatgaATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTTTTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTAATCACTGAATATTAAACAGGGAAGGGACGCTAATTTTCCCGATTATCCTTTGGCGTCGCCCAGTATTAATGAAATTGATTAACTTAATCAAATCCAAGTTTTTGGGCGTGCCAAAAAAACGGCAATGGCGGTCGtttttt > 2:917060/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |