Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,539,972 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,539,972 | 0 | A | T | 99.5% | 931.4 / NA | 386 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,539,973 | 0 | C | G | 99.7% | 925.3 / NA | 386 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (192/192); minor base A (0/1); total (192/194) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,539,974 | 0 | T | A | 100.0% | 931.0 / NA | 386 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (192/194); total (192/194) |
Only 100 of 386 total aligned reads displayed.
CGGGGATTTCGCTTCTTCGGCTGCGTCGATAACGCCCATCAACATTTCTGCATTCCATACGTTAAAATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACACTCTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATGCTTTTCACATCGAATCGCCCACTAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCGCTATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGCCCATGTCTTCGGTAAATTGCTGACAGCGTGCAATAGTGTCTTCTTTTGCGCCGTTAATAACCACTGTCGCA > CP042583/1539697‑1540251 ||| cgtgaaTTTCGCCTCTTCGGCTGCATAGATAACGCCCTTCAACCTTTCTGCATGTCATACGTTAAAATGGGTAATTGCTTAATGTTTCGTTTTGGCATCGTATTACCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTATTAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGAtt < 2:2072723/284‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |