| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,548,292 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,548,292 | 0 | A | T | 100.0% | 939.3 / NA | 388 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (196/192); total (196/192) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,548,293 | 0 | C | G | 99.5% | 926.5 / ‑2.8 | 388 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (195/190); minor base A (1/1); total (196/192) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.89e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,548,294 | 0 | T | A | 99.7% | 936.8 / NA | 388 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (196/191); minor base C (0/1); total (196/192) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 388 total aligned reads displayed.
TATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGGCTCCAGTAAGCGGTAATACTAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCAACGACACCTACGCCTGCGCCCAGGGAAAATTTACCTTCAGCGTGCGCTACGCCTGCAGACGTTGCGATAAGCACTCCAAGTGCCAGAAGTTTGAGTTTGGTCACAATTAATCATTCCTTAAACAAATGTTTAGCGGGCGACAAAGTT > CP042583/1548014‑1548571 ||| ttCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATcc > 2:1947457/1‑289 (MQ=255) ttCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATcc > 1:772669/1‑289 (MQ=255) cACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGgtagt < 2:1742883/289‑1 (MQ=255) cacaCCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGGCATTCcac > 1:1294871/1‑277 (MQ=255) cAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAaccacca > 1:320922/1‑287 (MQ=255) cAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGAGCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGGAAAGCGGCGCCCAGTAATCGGTCAGTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACATGTAGTAaccaccac > 2:1218058/1‑288 (MQ=255) ggAGTCACGTTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCATGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCAc < 1:2363741/289‑1 (MQ=255) 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ccGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAg > 2:1632624/1‑279 (MQ=255) cGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCg > 1:1250546/1‑287 (MQ=255) aCAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAAc < 1:1527464/260‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |