Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,552,537 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,552,537 | 0 | A | T | 100.0% | 690.4 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,552,538 | 0 | G | C | 100.0% | 685.1 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (143/141); total (143/141) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,552,539 | 0 | T | A | 99.7% | 685.2 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (143/140); total (143/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
ACTGTTTCATAAACAAAATGCAACAGCTAAAGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGAGTACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTAAGCTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCAAGTATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATTACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCT > CP042583/1552258‑1552817 ||| tttCATAAACAAAATGCAACAGCTAAAGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCa > 1:274114/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |