Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,552,906 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,552,906 | 0 | A | T | 99.1% | 835.9 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,552,907 | 0 | G | C | 100.0% | 833.0 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (186/161); total (186/161) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,552,908 | 0 | C | G | 100.0% | 831.4 / NA | 347 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (186/161); total (186/161) |
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
GCTGACGTTAATTTTATTTTGCATTACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGAGCAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCAGCCTGGCGCTCTTTTGTTATGGAAAAGACAACATCCTTGACAACAATAAGAAAAAAACGGGAATCCTGTTGCTGGCGCTGATCCCTTTTTTAGTTTTTCCCCTTCTGGCACACAATCTGAGCAGTTATAACGCTGACTATTCTTTGTATGTCGTCGATTACTGTCCGGACAACCATACTGCGACCTGGGGAATCAACTATACAAAAATATTGGTTTGTCTGTGG > CP042583/1552632‑1553187 ||| tAATTTTATTTTGCATTACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGtttctattttct < 1:622564/288‑1 (MQ=255) 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tataACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGtttctatttt > 2:1624544/1‑260 (MQ=255) tataACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTAttt > 2:2324968/1‑289 (MQ=255) tataACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTAttt > 1:291411/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |