Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,552,963 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,552,963 | 0 | A | T | 99.5% | 984.2 / NA | 412 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,552,964 | 0 | G | C | 100.0% | 985.2 / NA | 412 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (199/213); total (199/213) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,552,965 | 0 | C | G | 99.8% | 981.1 / NA | 412 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (199/212); total (199/213) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 412 total aligned reads displayed.
TGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGAGCAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCAGCCTGGCGCTCTTTTGTTATGGAAAAGACAACATCCTTGACAACAATAAGAAAAAAACGGGAATCCTGTTGCTGGCGCTGATCCC‑TTTTTTAGTTTTTCCCCTTCTGGCACACAATCTGAGCAGTTATAACGCTGACTATTCTTTGTATGTCGTCGATTACTGTCCGGACAACCATACTGCGACCTGGGGAATCAACTATACAAAAATATTGGTTTGTCTGTGGGCATTTTTACTGTTCTTTATTATCATGCGCACACGATTAGCCAGCGAACTATGG > CP042583/1552683‑1553241 ||| aaCTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCTCGCTGGCGCTCtt > 2:167789/1‑289 (MQ=255) aTCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCTCGCTGGCGCTCTTTTGtt > 2:3152405/1‑289 (MQ=255) aTCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCTCGCTGGCGCTCTTTTGtt > 2:614050/1‑289 (MQ=255) aGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTTGCATTTTTAAGTGGCCTTATCTATTTAGTTGAAACCATTGTAATTATCCATAAACCAATTAACGGCAGTACACTGATCCAGACAAAGTCGAATGATGTTTCTATTTTCTATATTTTCCGCCAACTCAGTTTTATTTGTTTAACCTCGCTGGCGCCTCTTTGTTATGGaaa > 2:1258052/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |