Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,555,049 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,555,049 | 0 | A | T | 99.5% | 913.5 / NA | 378 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,555,050 | 0 | G | C | 99.7% | 902.0 / NA | 378 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (186/190); total (187/191) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,555,051 | 0 | T | A | 99.7% | 914.3 / NA | 378 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (186/191); minor base C (1/0); total (187/191) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 378 total aligned reads displayed.
AATCAGTGTCTCGACAAACATTTGATCGTTCATAGCATGCCCCCGGGAGATAGCTGTTTTCACGTTATTGTTAGCGTGCACAAATGGCAGTTTGATGACAGTTCGCCTGATTTTTTATGCAAAAAACGTAAAGATTTTCTACTTCCTTCCTGCAGCAAGCGTAAAGTAAGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTAGTATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCAGTACCTTGATTCACAGCTTTCTGAACTGGAAAAGTCTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCAC > CP042583/1554769‑1555329 ||| aaTCAGTGTCTTGACAAACATTTGATCGTTCATAGCATGCCCCCGGGAGATAGCTGTTTTCACGTTATTGTTAGCGTGCACAAATGGCAGTTTGATGACAGTTCGCCTGATTTTTTATGCAAAAAACGTAAAGATTTTCTACTTCCTTCCTGCAGCAAGCGTAAAGTAAGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTg < 1:2880315/289‑1 (MQ=255) aaTCAGTGTCTCGACAAACATTTGATCGTTCATAGCATGCCCCCGGGAGATAGCTGTTTTCACGTTATTGTTAGCGTGCACAAATGGCAGTTTGATGACAGTTCGCCTGATTTTTTATGCAAAAAACGTAAAGATTTTCTACTTCCTTCCTGCAGCAAGCGTAAAGTAAGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTg < 1:1666753/289‑1 (MQ=255) tcGACAAACATGTGATCGTTCATAGACTGCCCCCGGGATATAGCTGTTTTCACGTTATTGTTAGCGGGCACAAATGGCAGTTTGATGACAGTTCGCCTGATTTTTTATGCAAAAAACGTAAAGATTTTCTACTTCCTTCCTGCAGCAAGCGTAAAGTAAGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACTACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCa < 2:1330514/289‑1 (MQ=255) aCATTTGATCGTTCATAGCATGCCCCCGGGAGATAGCTGTTTTCACGTTATTGTTAGCGTGCACAAATGGCAGTTTGATGACAGTTCGCCTGATTTTTTATGCAAAAAACGTAAAGATTTTCTACTTCCTTCCTGCAGCAAGCGTAAAGTAAGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCcg < 2:226965/289‑1 (MQ=255) 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tATTGTTAGCGTGCACAAATGGCAGTTTGATGACAGTTCGCCTGATTTTTTATGCAAAAAACGTAAAGATTTTCTACTTCCTTCCTGCAGCAAGCGTAAAGTAAGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCt < 1:2274441/289‑1 (MQ=255) tATTGTTAGCGTGCACAAATGGCAGTTTGATGACAGTTCGCCTGATTTTTTATGCAAAAAACGTAAAGATTTTCTACTTCCTTCCTGCAGCAAGCGTAAAGTAAGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCt < 1:1970368/289‑1 (MQ=255) tATTGTTAGCATGCACAAATGGCAGTTTGATGGAAGTTCGCCTGATTTTTTATGCAAAAAACGTAAAGATTTTCTACTTCCTTCCTGAAGCAAGCGTAAAGTAAGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCt < 2:1958180/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |