| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,556,633 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,556,633 | 0 | A | T | 99.7% | 873.2 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,556,634 | 0 | G | C | 100.0% | 869.1 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (179/185); total (179/185) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,556,635 | 0 | C | G | 99.5% | 861.4 / NA | 364 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (177/184); total (179/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
TTAAGCGGCAAAAACAGGATTGTCCTTATCGCTGGCATTCTGATGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACAGCCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCAGTCCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGG‑‑TATCGCAATTCGCTCTCTCCCTAGCCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGAAGCGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTT‑TTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACA > CP042583/1556354‑1556910 ||| ggCAAAAACATGGTTTTCCTTAGCGCTGGCATTCTAGAGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGTCCTGTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTGTTGATCTGTGCTGG‑‑TATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACttatta < 2:2104724/288‑1 (MQ=255) cAAAAACAGGATTGTCCTTATCGCTGGCATTCTGATGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGG‑‑TATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTattatt < 2:1836776/288‑1 (MQ=255) ttGTCCTTCTCCCTGACATTCTCGTGATTCCCAAAAATGTACGCGTCACCTTGACCGCCGCAGCACCGTTACTGGATCCAATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACCGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGG‑‑TATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAg < 2:591141/288‑1 (MQ=255) ttGTCCTTATCGCTGGCATTCTGATGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGG‑‑TATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAg < 1:2443248/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |