Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,564,937 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,564,937 | 0 | A | T | 99.4% | 840.0 / ‑3.3 | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (180/169); minor base C (1/1); total (181/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,564,938 | 0 | G | C | 99.7% | 835.5 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (181/171); total (181/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,564,939 | 0 | C | G | 99.7% | 830.3 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (180/172); total (181/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
CCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGAGCTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCAGCCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTGGTGCGTGGTGATCACTCTGATCCCGCTTTCCATCTTGTTTACCGGTGCTAGCCTGGAAACGATGAAAACCACCGTCGTGCTCACAGCCCTTCCCTTCCTCGTCATTTTACTGGTGAAAGTCGGCGGGTTTATTCGCTGGCTGAAACAGGATTACGCCGACATTCCGGCTCATCAAGTTGAACATTAT > CP042583/1564659‑1565218 ||| cccTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGAt > 1:2928860/1‑289 (MQ=255) cccTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGAt > 1:2548173/1‑289 (MQ=255) cccTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGAt > 1:1976004/1‑289 (MQ=255) ccTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATg > 2:2707430/1‑289 (MQ=255) tGGGGTAGCCATGTTTGTCACCCGACTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTAGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGGCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCa < 2:1622077/289‑1 (MQ=255) tGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGGGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGTCCCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTGGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATAAACGTCCCACAGGTTCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCa < 1:2843616/289‑1 (MQ=255) tGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCa > 1:441884/1‑289 (MQ=255) tGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCa < 1:2494973/289‑1 (MQ=255) tGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGACGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCa < 1:2574917/289‑1 (MQ=255) aGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCa > 1:897242/1‑283 (MQ=255) aGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCa < 2:897242/283‑1 (MQ=255) aGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGcc < 1:2591567/289‑1 (MQ=255) aGCAATGTTTGGCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGc < 1:1993048/288‑1 (MQ=255) gCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCt > 2:1119681/1‑289 (MQ=255) cAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCt > 1:1265100/1‑288 (MQ=255) tttGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCa < 1:1537273/276‑1 (MQ=255) gcgTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGCTTCTTTTCCTTGCCTCGCATTTGGCTGCCGTTGCCTACACCATggacggcc > 2:2542251/1‑282 (MQ=255) tgcgcggctaggaaaGTTTCAAGAAGTTATCTGGGGACTGAGCATCGTCAGAGTCGTCGGTTGCTGGTTCTTCGTGGTCGTAAGGGTAAGCTATTGCATGCTGCAGGTTATCAAGGGGGTAATGAACGTCCAATAGGTGCTGGAAACGCTGGGAGGTGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCGGCTGACGTGGCCAGTCGGTAAATTGTTCCTGGCCGCATACCTGGGCGGGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGt < 2:2245716/276‑1 (MQ=255) tAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGaa < 1:1747860/289‑1 (MQ=255) 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ggTTATATGGGGACGGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCCGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGa < 2:1298498/287‑1 (MQ=255) ttATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCa > 1:20415/1‑236 (MQ=255) tCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATcc < 1:1119681/289‑1 (MQ=255) 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caCCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCa < 1:2905306/211‑1 (MQ=255) caCCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCttt > 1:2463522/1‑287 (MQ=255) caCCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCGGCGTCttt > 1:1632350/1‑287 (MQ=255) aCCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTc < 2:3145593/288‑1 (MQ=255) ccGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTg < 1:3040005/289‑1 (MQ=255) cGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGGAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGACGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTTCCCGTGGGCTGCGTCTTTTCTgt > 2:1967012/1‑288 (MQ=255) 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catcaGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTa < 2:2595753/196‑1 (MQ=255) catcaGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTg < 2:2326493/242‑1 (MQ=255) catcaGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTg > 1:2326493/1‑242 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |