| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,566,072 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,566,072 | 0 | A | T | 99.4% | 850.1 / NA | 357 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,566,073 | 0 | G | C | 100.0% | 842.8 / NA | 357 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (173/184); total (173/184) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,566,074 | 0 | C | G | 100.0% | 849.4 / NA | 357 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (173/184); total (173/184) | |||||||||||
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
CATGGACCCCAACGCCACCAGCGTAGAAGATCAATTACCCGGCCTGGGCGCGAAAGTGCTGGAAGCCTGCCCGGAAGTCCACGATCTGAAACTGGCGGCCCGCTTTACCACCCGCACGCCTGCCAACTGGAAGAACATTGTCGATAACTATCTCGAGTGCTATCACTGTGGTCCGGCGCATCCAGGTTTCTCCGACTCCGTACAGGTTGATCGTTACTGGCACACCATGCACGGTAACTGGACGCTGCAATACGGTTTCGCCAAACCGTCCGAACAGAGCTTTAAATTTGAAGAGGGTACGGATGCGGCATTCCACGGTTTCTGGCTGTGGCCGTGCACGATGCTGAACGTCACCCCGATCAAAGGGATGATGACGGTCATTTATGAATTCCCGGTGGATTCTGAAACTACCCTGCAAAACTACGATATTTACTTCACCAATGAAGAGTTAACCGACGAGCAAAAAAGCCTGATTGAGTGGTATCGCGATGTGTTCCGTCCGGAAGATTTACGTCTGGTTGAAAGCGTACAGAAAGGGCTGAAAAGCCGTGGCTATC > CP042583/1565795‑1566351 ||| ggACCCCAACGCCACCAGCGTAGAAGATCAATTACCCGGCCTGGGCGCGAAAGTGCTGGAAGCCTGCCCGGAAGTCCACGATCTGAAACTGGCGGCCCGCTTTACCACCCGCACGCCTGCCAACTGGAAGAACATTGTCGATAACTATCTCGAGTGCTATCACTGTGGTCCGGCGCATCCAGGTTTCTCCGACTCCGTACAGGTTGATCGTTACTGGCACACCATGCACGGTAACTGGACGCTGCAATACGGTTTCGCCAAACCGTCCGAACAGTCGTTTAAATTTGaa < 1:711101/289‑1 (MQ=255) ggACCCCAACGCCACCAGCGTAGAAGATCAATTACCCGGCCTGGGCGCGAAAGTGCTGGAAGCCTGCCCGGAAGTCCACGATCTGAAACTGGCGGCCCGCTTTACCACCCGCACGCCTGCCAACTGGAAGAACATTGTCGATAACTATCTCGAGTGCTATCACTGTGGTCCGGCGCATCCAGGTTTCTCCGACTCCGTACAGGTTGATCGTTACTGGCACACCATGCACGGTAACTGGACGCTGCAATACGGTTTCGCCAAACCGTCCGAACAGTCGTTTAAATTTGaa < 1:864147/289‑1 (MQ=255) gACCCCAACGCCACCAGCGTAGAAGATCAATTACCCGGCCTGGGCGCGAAAGTGCTGGAAGCCTGCCCGGAAGTCCACGATCTGAAACTGGCGGCCCGCTTTACCACCCGCACGCCTGCCAACTGGAAGAACATTGTCGATAACTATCTCGAGTGCTATCACTGTGGTCCGGCGCATCCAGGTTTCTCCGACTCCGTACAGGTTGATCGTTACTGGCACACCATGCACGGTAACTGGACGCTGCAATACGGTTTCGCCAAACCGTCCGAACAGTCGTTTAAATTTGaa < 1:1316372/288‑1 (MQ=255) gACCCCAACGCCACCAGCGTAGAAGATCAATTACCCGGCCTGGGCGCGAAAGTGCTGGAAGCCTGCCCGGAAGTCCACGATCTGAAACTGGCGGCCCGCTTTACCACCCGCACGCCTGCCAACTGGAAGAACATTGTCGATAACTATCTCGAGTGCTATCACTGTGGTCCGGCGCATCCAGGTTTCTCCGACTCCGTACAGGTTGATCGTTACTGGCACACCATGCACGGTAACTGGACGCTGCAATACGGTTTCGCCAAACCGTCCGAACAGTCGTTTAAATTTGaa < 2:2381154/288‑1 (MQ=255) 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cGGCCTGGGCGCGAAAGTGCTGGAAGCCTGCCCGGAAGTCCACGATCTGAAACTGGCGGCCCGCTTTACCACCCGCACGCCTGCCAACTGGAAGAACATTGTCGATAACTATCTCGAGTGCTATCACTGTGGTCCGGCGCATCCAGGTTTCTCCGACTCCGTACAGGTTGATCGTTACTGGCACACCATGCACGGTAACTGGACGCTGCAATACGGTTTCGCCAAACCGTCCGAACAGTCGTTTAAATTTGAAGAGGGTACGGATGCGGCATTCCACGGTTTCTGGCtg < 1:1089433/289‑1 (MQ=255) aaaGTGCTGGAAGCCTGCCCGGAAGTCCACGATCTGAAACTGGCGGCCCGCTTTACCACCCGCACGCCTGCCAACTGGAAGAACATTGTCGATAACTATCTCGAGTGCTATCACTGTGGTCCGGCGCATCCAGGTTTCTCCGACTCCGTACAGGTTGATCGTTACTGGCACACCATGCACGGTAACTGGACGCTGCAATACGGTTTCGCCAAACCGTCCGAACAGTCGTTTAAATTTGAAGAGGGTACGGATGCGGCATTCCACGGTTTCTGGCTGTGGCCGTGCa > 1:1851261/1‑286 (MQ=255) aaaGTGCTGGAAGCCTGCCCGGAAGTCCACGATCTGAAACTGGCGGCCCGCTTTACCACCCGCACGCCTGCCAACTGGAAGAACATTGTCGATAACTATCTCGAGTGCTATCACTGTGGTCCGGCGCATCCAGGTTTCTCCGACTCCGTACAGGTTGATCGTTACTGGCACACCATGCACGGTAACTGGACGCTGCAATACGGTTTCGCCAAACCGTCCGAACAGTCGTTTAAATTTGAAGAGGGTACGGATGCGGCATTCCACGGTTTCTGGCTGTGGCCGTGCACGa > 1:430910/1‑289 (MQ=255) 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cACGATCTGAAACTGGCGGCCCGCTTTACCACCCGCACGCCTGCCAACTGGAAGAACATTGTCGATAACTATCTCGAGTGCTATCACTGTGGTCCGGCGCATCCAGGTTTCTCCGACTCCGTACAGGTTGATCGTTACTGGCACACCATGCACGGTAACTGGACGCTGCAATACGGTTTCGCCAAACCGTCCGAACAGTCGTTTAAATTTGAAGAGGGTACGGATGCGGCAt > 2:2923251/1‑232 (MQ=255) tCTGAAACTGGCGGCCCGCTTTACCACCCGCACGCCTGCCAACTGGAAGAACATTGTCGATAACTATCTCGAGTGCTATCACTGTGGTCCGGCGCATCCAGGTTTCTCCGACTCCGTACAGGTTGATCGTTACTGGCACACCATGCACGGTAACTGGACGCTGCAATACGGTTTCGCCAAACCGTCCGAACAGTCGTTTAAATTTGAAGAGGGTACGGATGCGGCATTCCACGGTTTCTGGCTGTGGCCGTGCACGATGCTGAACGTCACCCCGATCAAAGGgatgat > 2:684345/1‑288 (MQ=255) gAAACTGGCGGCCCGCTTTACCACCCGCACGCCTGCCAACTGGAAGAACATTGTCGATAACTATCTCGAGTGCTATCACTGTGGTCCGGCGCATCCAGGTTTCTCCGACTCCGTACAGGTTGATCGTTACTGGCACACCATGCACGGTAACTGGACGCTGCAATACGGTTTTGCCAAACCGTCCGAACAGTCGTTTAAATTTGAAGAGGGTACGGATGCGGCATTCCACGGTTTCTGGCTGTGGCCGTGCACGATGCTGAAGGTCCCCCCGATCAAAGGGATGAGGACg > 2:355385/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |