Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,569,855 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,569,855 | 0 | A | T | 99.8% | 1083.3 / NA | 450 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,569,856 | 0 | C | G | 99.8% | 1080.1 / NA | 450 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (224/225); minor base T (1/0); total (225/225) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,569,857 | 0 | T | A | 99.6% | 1085.6 / NA | 450 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (222/225); minor base C (2/0); total (225/225) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 450 total aligned reads displayed.
CTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGGGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTATGCAGTGCGCTACGAAAACTAATGGCATCTGGCAGATGGTATTTCGGCACCAAACGCTTGATGTATTTAACAACGAAATTGACTACCGTGCCTTTTGCCGTAGATAGCTGATCGCCCATACGGGTCAGAATTACGTGCTGAACGGCGGTTTTATCAACCACTTTTTCCAGTGTGTGAGCAAAGTTAGACACGATAACAATCGCGCTTGCGCCGCTATCGTTAAGCTGATGCTCAAGCTCACGCGGGGTATACAACGGGTTAACGTTTACGACGATCATCCCGGCACGCAAAATGCCAAA > CP042583/1569576‑1570136 ||| cccacccaGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGGGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTATGCAGTGCGATACGAAATGAAATGGCa > 1:2521450/1‑286 (MQ=255) 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cagTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGGGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTATGCAGTGCGCTACGAAATGAAATGGCATCTGGCAGATGGTATTTCGGCACCa < 1:2300217/286‑1 (MQ=255) gggCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACAACAGTGGTGCCGCCGGGGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGGGTTGGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTGATGCAGTGCGCTACGAAATGAAATGGCATCTGGCAGAGCGGAGTGCGGCACCAAAAGCTTGACGTAtct > 2:85888/1‑287 (MQ=255) cgaaaaTGGGTTACGGCCGCACGGCCGTAACAACCAGCTCTTTACCCGGCTGCAACACCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGGGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTATGCAGTGCGCTACGAAATGAAATGGCATCTGGCAGATGGTATTTCGGCACCAAACGCTTg < 2:1378023/276‑1 (MQ=255) 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CTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGGGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTATGCAGTGCGCTACGAAAACTAATGGCATCTGGCAGATGGTATTTCGGCACCAAACGCTTGATGTATTTAACAACGAAATTGACTACCGTGCCTTTTGCCGTAGATAGCTGATCGCCCATACGGGTCAGAATTACGTGCTGAACGGCGGTTTTATCAACCACTTTTTCCAGTGTGTGAGCAAAGTTAGACACGATAACAATCGCGCTTGCGCCGCTATCGTTAAGCTGATGCTCAAGCTCACGCGGGGTATACAACGGGTTAACGTTTACGACGATCATCCCGGCACGCAAAATGCCAAA > CP042583/1569576‑1570136 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |