| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,577,310 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,577,310 | 0 | A | T | 100.0% | 639.4 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (128/136); total (128/136) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,577,311 | 0 | G | C | 99.6% | 632.2 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (128/135); minor base A (0/1); total (128/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,577,312 | 0 | T | A | 99.2% | 627.3 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (126/135); minor base C (2/0); total (128/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
AGGTGCAGTCGATGACACGGACGCAAGTGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCAGCGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATAGTCATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTGGCGCTGCAAATTGGTGTGAAACCCTGACTATACTTATCTTTACATCTACAAAACACTACTTGAGACAATCATCGCAATATTAGTTAAATCGCGGTTTTTGATTAGTTTAATTCATGTGAATAGTTAAGCCAGTCGCCGCGTTCCCTCTTACACTATGCGCTGTTATTAGTTCGTTACTGGAAGTCCAGTCACCTTGTCAGGAGTATT > CP042583/1577030‑1577591 ||| gCAGTCGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGGTTCACATCGGGTAt > 1:417612/1‑289 (MQ=255) cAGTCGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATg > 1:1208124/1‑289 (MQ=255) cAGTCGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATg > 1:1266488/1‑289 (MQ=255) ggaggaccaggACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATgg < 2:2084941/277‑1 (MQ=255) cGATGACACGGACGCATCAGCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATgg < 1:856464/286‑1 (MQ=255) tGACACGGACGCAGCAGCGCTCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTc < 2:961439/288‑1 (MQ=255) acgcatcagCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCTCCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACg < 1:496302/280‑1 (MQ=255) gcatcagCTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAAc < 2:1084208/283‑1 (MQ=255) cTATCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCCCTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGAATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGACATGCCGCTCCCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATATACCGCCGTCGTGATTCACATCGGGGAGCGCTGTCCTGGTACCAACAgctttt > 2:1894347/1‑284 (MQ=255) tCGCCGCCGCGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTa > 1:692515/1‑283 (MQ=255) cgccgccgcGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTa < 1:1624796/289‑1 (MQ=255) cgccgccgcGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTa < 1:2635590/289‑1 (MQ=255) gccgccgcGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGCAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCTGGTATTGCTGTCCTGGTCTGAATCGTATTTTGGAt > 2:1534046/1‑289 (MQ=255) gccgccgcGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTAt < 1:2366633/289‑1 (MQ=255) cgccgcGCTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGt < 1:2127518/255‑1 (MQ=255) gcTGCGCGAAGCTGAAGAAGAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAAt < 1:1686373/288‑1 (MQ=255) ttGAAGTAGACGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTGTCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCa < 2:2958106/287‑1 (MQ=255) aagaagAGGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAAt > 2:210215/1‑289 (MQ=255) gagGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTCACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTGCCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTa > 2:301509/1‑261 (MQ=255) gagGTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTGCCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTa < 1:301509/261‑1 (MQ=255) ggTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAg > 1:77624/1‑289 (MQ=255) ggTCGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGCATGGCTGTc > 2:21378/1‑237 (MQ=255) cGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCggg < 1:1919247/224‑1 (MQ=255) cGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATgg > 1:2810402/1‑229 (MQ=255) cGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATTGGGAATGAACGCAGGCATAATTCGTGAGCTg > 1:345067/1‑289 (MQ=255) cGCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCAGTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATgg < 2:2810402/229‑1 (MQ=255) gCTATACCGCCTTCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCGTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTATCCCGCCCGATCTGCCGTATCGCGCCAGTGAAGATGAAGTCTCGGCGGTGTTTGAAATGCCGCTCGCCCAGGCATTACATCTGGGTCGTTATCACCCTTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGTATTTTGTATGGGGAATGACCGCAGGCATAATTCGTGAGCTgg < 1:1606765/289‑1 (MQ=255) ccctCCGCCGTTGAAGTTATCGGCGTGCTGCCGCCCGTCGATAGCTTCACTGGCTACCAGGTAACCCCAGTGGTCGGCATTCTCCCGCCCGATCTGCCGTATCCCGCCATTGACGATGAAGTCTCGGCGGTCTTTGAAATGCCTCTCGCCCAGGCATTCCATCGGGGTCGTTATCACCATTTAGATATCTACCGCCGTGGTGATTCACATCGGGTATGGCTGTCCTGGTACGAACAGCATTTTGTCTGGGGTATGCACGCAGGCCTCATTCGTGAGCTGGCTTTGCaaa > 2:2908068/4‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |