Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,579,744 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,579,744 | 0 | A | T | 100.0% | 850.5 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,579,745 | 0 | G | C | 99.7% | 839.7 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (166/186); total (167/186) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,579,746 | 0 | C | G | 99.7% | 839.0 / NA | 353 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (165/186); minor base A (1/0); total (167/186) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
GAACTTCCTGCACCGCAACCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTAGCCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCCTGGCTGGCGACCGCTTACCGAATGAGCTTTTCCCGCGAAATCAATCTGGGCCTGGCGCAACATGAGTTCGAATTGTTCTGTCAGCCTTTGCTTAATGCGCGCAGCCAGCAATGTATTGGTGTAGAGATTTTGCTGCGCTGGAACAAT > CP042583/1579465‑1580013 ||| gAACTTCCTGCACCGCAACCACTGTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCt < 1:2191342/289‑1 (MQ=255) aaCTTCCTGCACCGCAACCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCtt > 2:452348/1‑289 (MQ=255) cTTCCTGCACCGCAACCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACTGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCttt > 1:2223680/1‑288 (MQ=255) cTGCACCGCAACCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCttt < 1:409415/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |