| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,580,032 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,580,032 | 0 | A | T | 99.7% | 729.1 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (156/146); minor base G (1/0); total (157/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,580,033 | 0 | G | C | 99.0% | 710.7 / ‑2.0 | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (156/144); minor base A (1/2); total (157/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,580,034 | 0 | T | A | 99.7% | 726.9 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (156/146); minor base C (1/0); total (157/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
CTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCCTGGCTGGCGACCGCTTACCGAATGAGCTTTTCCCGCGAAATCAATCTGGGCCTGGCGCAACATGAGTTCGAATTGTTCTGTCAGCCTTTGCTTAATGCGCGCAGCCAGCAATGTATTGGTGTAGAGATTTTGCTGCGCTGGAACAATCCGCGTCAGGGCTGGATTAGTCCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGTCAGCGCCATGTTTTCCCGATGAGTAGTCAGTTTCATGTTGGCATTAACGTCGCACCCAGCCATTTTCGCCGTGGTGTGCTGATAAAAGATCTCAATCAGTACTGGTTTAGCGCTCACCCGATTCAGCAACTGATCCTCGAAATCACCGAACGCGATGCCTTACTGGATGTTGATTATCGGATTGCCCGCGAGCTG > CP042583/1579752‑1580310 ||| tttCCTTGTACCATGACCGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCCTGGCTGGCGACCGCTTACCGAATGAGCTTTTCCCGCGAAATCAATCTGGGCCTGGCGCAACATGAGTTCGAATTGTTCTGTCAGCCTTTGCTTAATGCGCGCAGCCAGCAATGTATTGGTGTAGAGATTTTGCTGCGCTGGAACAATCCGCGTCAGGGCTGGATTTCACCGGAt < 2:1311578/288‑1 (MQ=255) ggaCCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCCTGGCTGGCGACCGCTTACCGAATGAGCTTTTCCCGCGAAATCAATCTGGGCCTGGCGCAACATGAGTTCGAATTGTTCTGTCAGCCTTTGCTTAATGCGCGCAGCCAGCAATGTATTGGTGTAGAGATTTTGCTGCGCTGGAACAATCCGCGTCAGGGCTGGATTTCACCGGATGTGTTTAt > 1:2261461/3‑289 (MQ=255) tAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCCTGGCTGGCGACCGCTTACCGAATGAGCTTTTCCCGCGAAATCAATCTGGGCCTGGCGCAACATGAGTTCGAATTGTTCTGTCAGCCTTTGCTTAATGCGCGCAGCCAGCAATGTATTGGTGTAGAGATTTTGCTGCGCTGGAACAATCCGCGTCAGGGCTGGATTTCACCGGAt > 2:921654/1‑274 (MQ=255) tAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCCTGGCTGGCGACCGCTTACCGAATGAGCTTTTCCCGCGAAATCAATCTGGGCCTGGCGCAACATGAGTTCGAATTGTTCTGTCAGCCTTTGCTTAATGCGCGCAGCCAGCAATGTATTGGTGTAGAGATTTTGCTGCGCTGGAACAATCCGCGTCAGGGCTGGATTTCACCGGAt < 1:921654/274‑1 (MQ=255) 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aCGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCCTGGCTGGCGACCGCTTACCGAATGAGCTTTTCCCGCGAAATCAATCTGGGCCTGGCGCAACATGAGTTCGAATTGTTCTGTCAGCCTTTGCTTAATGCGCGCAGCCAGCAATGTATTGGTGTAGAGATTTTGCTGCGCTGGAACAATCCGCGTCAGGGCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATtg > 2:209042/1‑289 (MQ=255) aCGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCCTGGCTGGCGACCGCTTACCGAATGAGCTTTTCCCGCGAAATCAATCTGGGCCTGGCGCAACATGAGTTCGAATTGTTCTGTCAGCCTTTGCTTAATGCGCGCAGCCAGCAATGTATTGGTGTAGAGATTTTGCTGCGCTGGAACAATCCGCGTCAGGGCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATtg < 2:2171177/289‑1 (MQ=255) caCTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCCTGGCTGGCGACCGCTTACCGAATGAGCTTTTCCCGCGAAATCAATCTGGGCCTGGCGCAACATGAGTTCGAATTGTTCTGTCAGCCTTTGCTTAATGCGCGCAGCCAGCAATGTATTGGTGTAGAGATTTTGCTGCGCTGGAACAATCCGCGTCAGGGCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGc < 1:2760312/288‑1 (MQ=255) 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caATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCCTGGCTGGCGACCGCTTACCGAATGAGCTTTTCCCGCGAAATCAATCTGGGCCTGGCGCAACATGAGTTCGAATTGTTCTGTCAGCCTTTGCTTAATGCGCGCAGCCAGCAATGTATTGGTGTAGAGATTTTGCTGCGCTGGAACAATCCGCCTCAGGGCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGaa > 1:2312717/1‑288 (MQ=255) ttACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCCTGGCTGGCGACCGCTTACCGAATGAGCTTTTCCCGCGAAATCAATCTGGGCCTGGCGCAACATGAGTTCGAATTGTTCTGTCAGCCTTTGCTTAATGCGCGCAGCCAGCAATGTATTGGTGTAGAGATTTTGCTGCGCTGGAACAATCCGCGTCAGGGCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCa < 2:1901668/289‑1 (MQ=255) gCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCCTGGCTGGCGACCGCTTACCGAATGAGCTTTTCCCGCGAAATCAATCTGGGCCTGGCGCAACATGAGTTCGAATTGTTCTGTCAGCCTTTGCTTAATGCGCGCAGCCAGCAATGTATTGGTGTAGAGATTTTGCTGCGCTGGAACAATCCGCGTCAGGGCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGt < 1:4268/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |