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Read alignment evidence... | |||||||||||
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,583,810 | 0 | T | A | 99.8% | 966.6 / ‑5.6 | 400 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (208/191); minor base G (0/1); total (208/192) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 400 total aligned reads displayed.
AAAACCCAGGTGAATAACGCGGTTAGCGTTGATGAAAAAGATATCGAGGCGTTCAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGAAGTATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCG‑CACTGGCAATCCCTCTGGCCGCTGCGGGCCAGGTACTGACCATCATCGTTCGTAC > CP042583/1583530‑1584088 ||| aaCCCAGGTGAATAACGCGGTTTCGGTTGATGAAAAAGATATCGAGGCGTTCAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAATTGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGAAGGTATGGGTTCAATCCTCGATg > 1:1779992/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |