| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,586,828 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,586,828 | 0 | A | T | 100.0% | 690.8 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (151/137); total (151/137) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,586,829 | 0 | G | C | 99.0% | 676.6 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base C (151/133); total (151/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,586,830 | 0 | T | A | 99.3% | 683.3 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (149/136); minor base C (2/0); total (151/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
CTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGAGTACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCAGTATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGC‑GGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATGCGACGGCTTCATCACCGCGAAGACGCATCGGATAACACAACTCCGCACTCTGCTGTAATGTAAAACCT > CP042583/1586560‑1587106 ||| tttGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTcg > 1:83567/1‑289 (MQ=255) gtgCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTcggc‑g > 1:2087157/1‑289 (MQ=255) gtgCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCCCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTTTTGGGAATAAAGCGGAATTGCTcggtg > 2:1956172/1‑287 (MQ=255) tgctgATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGC‑GGGc < 1:1956172/288‑1 (MQ=255) 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tttCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGC‑GGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACg < 1:953325/288‑1 (MQ=255) tCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGC‑GGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGa > 2:1873534/1‑284 (MQ=255) gcAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGC‑GGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACg < 2:2585291/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |