Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,591,221 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,591,221 | 0 | A | T | 100.0% | 721.8 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,591,222 | 0 | G | C | 100.0% | 716.5 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (141/158); total (141/158) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,591,223 | 0 | T | A | 99.0% | 713.1 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (139/157); minor base C (2/1); total (141/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
AAGTTCAGGCCGACGGCCTGCCATTGCCCCAGCGATACGGTGCGATATTAACCATTGTGATTGGTATTAGCATGGCCGTCCTTGACGGCGCAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGTTCCATCTGGGTAGTGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCAGCTTTAGCTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTAGTCTGTTCTGCGCCCTTTCTGATAGCCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACAGCTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGAT > CP042583/1590946‑1591501 ||| aaGTTCAGGCCGACGGCCTGCCATTGCCCCAGCGATACGGTGCGATATTAACCATTGTGATTGGTATTTCGATGGCCGTCCTTGACGGCGCAATCGCCAACGTCGCCCTGCCAACAATCGCCACGGACCTTCATGCCACGCCAGCCAGTTCCATCTGGGTAGTGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCCCGTTTTCGTTTCTGGGCGCTATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTATTCCCTGTTTTgcg > 2:566387/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |