Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,591,374 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,591,374 | 0 | A | T | 99.2% | 556.8 / ‑2.8 | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.80e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,591,375 | 0 | G | C | 100.0% | 555.4 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (128/106); total (128/106) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,591,376 | 0 | C | G | 100.0% | 553.3 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (128/106); total (128/106) |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
TTCCATCTGGGTAGTGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCAGCTTTAGCTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTAGTCTGTTCTGCGCCCTTTCTGA‑TAGCCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACAGCTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAAAGCCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGG > CP042583/1591094‑1591653 ||| aTCTGGGTAGTGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGA‑TTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACTCGTTTAttgttg < 1:393857/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |