Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,591,626 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,591,626 | 0 | A | T | 99.7% | 743.3 / NA | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (164/146); minor base G (1/0); total (165/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,591,627 | 0 | G | C | 100.0% | 739.6 / NA | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (165/146); total (165/146) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,591,628 | 0 | C | G | 99.4% | 732.7 / NA | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (162/144); minor base A (1/1); total (165/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
TTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACAGCTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAAAGCCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTATCCCGCTGTTTAGTCTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTG > CP042583/1591347‑1591907 ||| tGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCACTGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTACCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCggc > 1:1798857/1‑285 (MQ=255) tGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGa > 1:1768487/1‑286 (MQ=255) caactggtttATTTTTGCCGTCTCTTGTGTTCCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCCTCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTAAATCACCGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTTGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAACCCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTa < 2:2936626/282‑1 (MQ=255) cgtttATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGaa > 2:2762091/3‑275 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |