Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 496,350 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 496,350 | 0 | A | T | 99.6% | 602.7 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (136/116); minor base C (1/0); total (137/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 496,351 | 0 | G | C | 98.8% | 584.8 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (135/114); total (137/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 496,352 | 0 | C | G | 99.6% | 600.6 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (136/116); total (137/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
CCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGAGTTTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCAAGCCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGAGCGTGATTAGCCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAAAGTTTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGAT > CP042583/496070‑496630 ||| ccTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATg > 2:2420228/1‑289 (MQ=255) gCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCg < 1:188326/288‑1 (MQ=255) aTCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCg < 1:25086/288‑1 (MQ=255) tATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCg < 1:149327/289‑1 (MQ=255) 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cgcAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCg < 1:1665551/283‑1 (MQ=255) ggCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGc < 1:3055317/288‑1 (MQ=255) ggCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGc < 1:3042593/288‑1 (MQ=255) 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gCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCt > 2:235171/1‑289 (MQ=255) tAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCg > 1:2823277/1‑289 (MQ=255) aaTGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCgg < 1:1550286/289‑1 (MQ=255) 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ccGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTggcggcg > 1:830257/1‑234 (MQ=255) ccGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTttatta < 2:220260/250‑1 (MQ=255) gCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCa > 1:635422/1‑278 (MQ=255) gCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGc > 1:2214956/1‑289 (MQ=255) cAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGc < 2:1444130/288‑1 (MQ=255) tCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATcc > 1:2667810/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |