| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,598,391 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,598,391 | 0 | A | T | 99.7% | 724.3 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,598,392 | 0 | G | C | 99.3% | 712.4 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (135/165); minor base T (1/1); total (137/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,598,393 | 0 | C | G | 99.7% | 726.1 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (136/166); minor base T (1/0); total (137/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
GTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGAGTGGAAACGCCCGCTTCGACGACTGAATAACCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGTCAGGAAACGCCCGCTAGCACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCAGTCCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTCACCATCGACTTTATGAGCGCGGATGGTATTGTTCCAGGCCGTACGCCTGTTCGTTATCAGGGCGTTGAAGTCGGAACAGTGCAGGATATCAGCCTCAGCGACGATCTTCGTAAGATTGAAGTCAAGGTCAGCATCAAGTCCGATATG‑AAAGATGCGCTGCGCGAAGAGACTCAGTTCTGGCTGGTGACGCCAAAAGCAAGCTTGGCAGGTGTCTCCGGGCTGGACGCCCTCGTCGGTGGGAACTATATCGGCATGATGCCGGGTAAAGGTAAAGAGCAGGATCACTTTGTCGCACT > CP042583/1598115‑1598671 ||| gcgatcagatcctcgcttttactatgggaccggctgcgttttatttcggcgcagcggtaattttgactattcttgctgtggaatggctggacagccgcttactttgggatgcacatgagtcaggaaacgcccgcttcgACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCTCACCTTTCTGGCTGCTGCCGTTCATCGCGCTAATGATTGCCAGTTGGCTGATTTGGGACAGTTATCAGGACCGGGGTAATACCGTTACCATCGACTTTATGTCGGCGGATGGTa < 2:384204‑M2/151‑1 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |