Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,624,609 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,624,609 | 0 | A | T | 99.8% | 1117.4 / NA | 463 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,624,610 | 0 | G | C | 99.1% | 1104.3 / NA | 463 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (238/221); minor base A (2/2); total (240/223) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,624,611 | 0 | T | A | 99.1% | 1111.3 / NA | 463 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (236/223); minor base C (4/0); total (240/223) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 463 total aligned reads displayed.
ATTCTATGCGGTGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGAGCCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGAGTATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTAGCTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGAGCG > CP042583/1624329‑1624888 ||| aTTCTATGCGGTGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACg > 1:837751/1‑289 (MQ=255) tttATGGGGTGATTGCCGTTCCGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGAt < 2:2035981/287‑1 (MQ=255) tGCGGTGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATCTTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATTTCTCTTGCGCTTGGCGTTGTCATCGGGGTGGCCATTTTGTTTTGGGAATGTGGCAATTTGCTGTCCATTACGATaaa > 2:75250/1‑287 (MQ=255) tGCGGTGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAg > 1:548388/1‑288 (MQ=255) tGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGa > 1:1000692/1‑289 (MQ=255) tGATTGCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGa > 2:2481073/1‑289 (MQ=255) gCCGTTACGCTGCTGCTGGCGGGCGGTCTGGTATGGCTGGAGAAGCGTCCACAGCTGGCGATCGACACGTTATTAGGGATTATGGCGCACAGTGCCCTGTCGCTGGGCCTGGTGGTCGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTGTTTTGTTCTTGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGTACTgg > 2:2931336/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |