| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,624,885 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,624,885 | 0 | A | T | 99.6% | 647.4 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (121/150); minor base G (0/1); total (121/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,624,886 | 0 | G | C | 99.6% | 639.9 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (119/150); total (121/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,624,887 | 0 | C | G | 100.0% | 653.9 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (121/151); total (121/151) | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
TGAGTATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTAGCTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGAGCGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTCCACGCCCGCGTCGTCGCCATACGCCCACGCGG > CP042583/1624607‑1625162 ||| tgtcaaTGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCt < 1:1059706/284‑1 (MQ=255) aTGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTAtgtg < 2:1188294/289‑1 (MQ=255) gACGATAAGCCCGGATCTGGCGTGTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCg < 1:1218297/289‑1 (MQ=255) cGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCgg < 1:2972545/288‑1 (MQ=255) 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aGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGt < 1:2369262/289‑1 (MQ=255) aGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGt < 1:1933448/289‑1 (MQ=255) cGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGttatt < 2:2404603/289‑1 (MQ=255) 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aTGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCa > 2:201302/1‑263 (MQ=255) aTGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCa < 1:201302/263‑1 (MQ=255) tgtgAAATTACAGCGAGTGACATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTATTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTAGGTGGTTCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGtaaaa > 1:1547069/1‑288 (MQ=255) 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TGAGTATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTAGCTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGAGCGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTCCACGCCCGCGTCGTCGCCATACGCCCACGCGG > CP042583/1624607‑1625162 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |