Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 498,791 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 498,791 | 0 | A | T | 99.6% | 640.5 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (124/145); minor base C (1/0); total (125/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 498,792 | 0 | G | C | 99.6% | 639.6 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (125/144); total (125/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 498,793 | 0 | C | G | 100.0% | 644.7 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (125/145); total (125/145) |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
TTTTTCTTTATGAGCCCGTACCGCAGTTTTACGACGAGTGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATAGCCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCG‑GTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TAGCAGCCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGAGCTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGAGCCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGAGTCGGTTGATTGATATCACCACTGACGCCGCCATTGATAGTGGCGTATTGCTGGAACGGTTGATTGCGCAAAACCCGGTTAGTTACAACTTCCATGTTCCGCTGGCTGATGGTGGCGTCCTGCTGGGGGCCAGCCCGGAACTGCTGCTACGTAAAGACGGCGAG > CP042583/498512‑499066 ||| tttagttccccTTACCTCAGTTTTACGACGTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGTTGTCAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTCCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCTATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCG‑GTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGTCAGGCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGtggtgg < 1:3026066/281‑1 (MQ=255) ttatgtcgccGTACCGCAGTTTTACGACGTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCG‑GTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGa < 1:551966/281‑1 (MQ=255) tgtcgccGTACCGCAGTTTTACGACGTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCG‑GTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACg < 1:1490825/284‑1 (MQ=255) cgccGTACCGCAGTTTTACGACGTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCG‑GTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCa < 1:1056858/287‑1 (MQ=255) tACCGCAGTTTTACGACGTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCG‑GTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAAAAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGCAACGCCAGGCaa > 1:2650266/1‑289 (MQ=255) cAGTTTTACGACGTCAGGGTGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCG‑GTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCg < 1:455750/289‑1 (MQ=255) cAGTTTTACGACGTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCG‑GTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCg > 1:2451766/1‑289 (MQ=255) tcaggATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCG‑GTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGt > 1:1692076/4‑289 (MQ=255) caggATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCCAAAATCCG‑GTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCCTTTGTCGCC‑GTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGtt < 1:720515/287‑1 (MQ=255) tGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCG‑GTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAAc < 1:1190563/289‑1 (MQ=255) tCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCG‑GTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTTGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTCGGACaatt > 2:37191/1‑286 (MQ=255) tCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCG‑GTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGAt > 1:2021433/1‑289 (MQ=255) cGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCG‑GTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACg < 1:806648/248‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |