| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,631,967 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,631,967 | 0 | A | T | 99.2% | 624.4 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,631,968 | 0 | G | C | 99.2% | 621.2 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (119/145); total (119/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,631,969 | 0 | C | G | 100.0% | 632.0 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (119/147); total (119/147) | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCAGTCCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCAGCACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTA‑‑GTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGAGCCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAAC > CP042583/1631690‑1632247 ||| gggAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCg < 1:931203/289‑1 (MQ=255) tCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTGGACCAATATCGGTGTTGAATCCAccgcccgc < 1:2295283/289‑1 (MQ=255) cgcgCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCa < 2:2050478/289‑1 (MQ=255) aGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACt > 1:1052575/1‑289 (MQ=255) 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ccGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACt < 1:1388771/286‑1 (MQ=255) ccGTGTTTCTGGGGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACt < 2:2273181/286‑1 (MQ=255) tCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCa < 2:501070/266‑1 (MQ=255) 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ccGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTg < 2:1052575/289‑1 (MQ=255) ttAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCa < 2:39752/226‑1 (MQ=255) ttAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTA‑‑GTGCCGCCAGCGCCg > 1:1373345/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |