| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 498,902 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 498,902 | 0 | A | T | 99.6% | 591.7 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (119/130); minor base C (1/0); total (120/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 498,903 | 0 | G | C | 99.2% | 588.0 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (120/128); minor base A (0/2); total (120/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 498,904 | 0 | T | A | 100.0% | 596.4 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (120/130); total (120/130) | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
GCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCCTAGCAGCCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGAGCTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGAGCCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGAGTCGGTTGATTGATATCACCACTGACGCCGCCATTGATAGTGGCGTATTGCTGGAACGGTTGATTGCGCAAAACCCGGTTAGTTACAACTTCCATGTTCCGCTGGCTGATGGTGGCGTCCTGCTGGGGGCCAGCCCGGAACTGCTGCTACGTAAAGACGGCGAGCGTTTTAGCTCCATTCCGTTAGCCGGTTCCGCGCGTCGTCAGCCGGATGAAGTGCTCGATCGCGAAGCAGGTAATCGTCTGCTGGCGAGTGAAAAAGATCGCCATGAACATGAA > CP042583/498623‑499180 ||| gccgcGTTGTTTGCGAATACAAAGGGGAAGGGCATCAAAAAGCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCCTTCGTCGATGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGTCACGGttga < 2:194342/289‑1 (MQ=255)gccgcGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCCTTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGTCACGGttga < 2:3048855/289‑1 (MQ=255) cgggcTGTTTGCCGAGGCCAAAGGGAAAGGCATCAAAATTCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACTGCAGCCTTCGTCGCTGTATATTCCGGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCAGGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGTCACGGttgatt < 2:18478/286‑1 (MQ=255) cgctCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGGGAGTCCCTTCGATCCACGTCAGCCTTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGTCACGGttgatt < 1:303925/289‑1 (MQ=255) 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aGCGAAAGGCATCAAAAATCCGGTGTTGGTCGGGGGGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCCTTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGTCACGGTTGATTGATATCACCACTGACgccgcc < 2:1432421/289‑1 (MQ=255) ggCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCCTTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGTCACGGTTGATTGATATCACCACTGACGCCGCCATTGATa > 2:753044/1‑289 (MQ=255) tGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCCTTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGCCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCCCGCCGCAGGTCGACAAACTGGACCTGTCACGGTTGATGGATATCACCACTGCCGCCGCCATTGATCGCGCCGCCTTGCTGGa > 2:2347751/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |