Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,634,799 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,634,799 | 0 | A | T | 100.0% | 1079.3 / NA | 446 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,634,800 | 0 | G | C | 99.3% | 1057.1 / NA | 446 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (220/223); minor base A (0/3); total (220/226) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,634,801 | 0 | T | A | 99.8% | 1074.9 / NA | 446 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (219/226); minor base C (1/0); total (220/226) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 446 total aligned reads displayed.
GGGATCGTGTTCTGCCCCATCTTTCTGATTTAACCGGACGCACCATTCTGGATGTCGGCTGCGGCAGCGGTTATCACATGTGGCGCATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTAGCATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTAGTCCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAAAGCCTGGCCGATTT > CP042583/1634521‑1635079 ||| gggtCGTGTTCTGCCCCATCTTTCTGATTTACCCGGACGCACCATGCTGGAGGTGGGCTGCGGCAGCGGTTAGCACATGTGGCGCAGGATTGGCGCAGGGGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGa < 2:2154647/285‑1 (MQ=255) tGCCCCATCTTTCTGATTTAACCGGACGCACCATTCTGGATGTCGGCTGCGGCAGCGGTTATCACATGTGGCGCATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTCTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACCGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCATTGATCCCGTCTTTTCGATGGGCGTTCTTTACCATCGACGTTCACCGCTGGAGCCTCTATGGCa > 2:882732/1‑289 (MQ=255) cccATCTTTCTGATTTAACCGGACGCACCATTCTGGATGTCGGCTGCGGCAGCGGTTATCACATGTGGCGCATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGtt < 1:1049620/289‑1 (MQ=255) tAACCGGACGCACCATTCTGGATGTCGGCTGCGGCAGCGGTTATCACATGTGGCGCATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGt < 1:1435177/289‑1 (MQ=255) gTCGGCTGCGGCAGCGGTTATCACATGTGGCGCATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGa < 2:2026012/236‑1 (MQ=255) gTCGGCTGCGGCAGCGGTTATCACATGTGGCGCATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGTTgg > 1:2859352/1‑289 (MQ=255) cGGCTGCGGCAGCGGTTATCACATGTGGCGCATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATgg > 2:2925916/1‑244 (MQ=255) tggggCAGCGGTTATAACATGCGGGGCATGATCGGCGCCGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGGGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGGGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACg < 2:439772/285‑1 (MQ=255) ggCAGCGGTTATCACATGTGGCGCATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTg < 1:512662/288‑1 (MQ=255) gCAGCGGTTATCACATGTGGCGCATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATAATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTgg < 2:378342/288‑1 (MQ=255) gtgGCGCATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTgg < 2:2658535/209‑1 (MQ=255) tgGCGCATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGa < 2:491118/209‑1 (MQ=255) tgGCGCATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGa > 1:491118/1‑209 (MQ=255) tgGCGCATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATTAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACg > 2:345367/1‑267 (MQ=255) tgGCGCATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCaa < 2:946945/234‑1 (MQ=255) gcATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAaca < 1:2229618/288‑1 (MQ=255) cATGATTGGCGCAGGCGCGCACCTCGCGGTGGGGATCGACCCTACGCAACTGTTTCTGTGCCAGTTTGAAGCGGTGCGTAAACTACTGGGTAATGATCAGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAAc > 2:519566/1‑248 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |