Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,635,066 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,635,066 | 0 | A | T | 99.6% | 1069.2 / NA | 454 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,635,067 | 0 | G | C | 99.6% | 1075.9 / NA | 454 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (226/226); total (226/228) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,635,068 | 0 | C | G | 99.6% | 1080.9 / NA | 454 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (224/227); total (226/228) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 454 total aligned reads displayed.
ACCATCGCCGTAGTCCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAAAGCCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTTTCCGGGCGCTATTCACGTCTTACGCCTGAACAGCTGGCTGA > CP042583/1634788‑1635347 ||| tCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGAttt > 1:2390138/1‑288 (MQ=255) cgccgttcaccGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGCGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTAACGAATCGTTGGCAGATTTc > 2:152109/10‑288 (MQ=255) cctcgctccccGCTGTATCATCTATGGCAGCTGAAAGATCGACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGTAATGCTGGTTCTTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATTCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGTGC‑TGGCGCCGGAAATCTGCCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGACCTTAGCGTTACCACCACCGAAGCGCAGCGCCGCACCGAATGGATGGTTACGGAGTCCCTGGCCGAtttt > 2:1441126/10‑287 (MQ=255) gccgttagccGATGGGGCAGCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATGGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCt < 2:2849221/281‑1 (MQ=255) gttcaccGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGa < 1:577320/284‑1 (MQ=255) gttcaccGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGa < 1:3071734/284‑1 (MQ=255) ttcaccGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAATTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGa > 2:348592/5‑288 (MQ=255) 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tGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATgcg > 1:1058244/1‑288 (MQ=255) tACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCa > 2:1073610/1‑252 (MQ=255) ccAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGa < 2:1816414/289‑1 (MQ=255) 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ACCATCGCCGTAGTCCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGC‑TGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAAGTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAAAGCCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTTTCCGGGCGCTATTCACGTCTTACGCCTGAACAGCTGGCTGA > CP042583/1634788‑1635347 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |