| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,654,069 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,654,069 | 0 | A | T | 98.7% | 922.6 / NA | 389 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (206/177); minor base G (1/4); total (208/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,654,070 | 0 | G | C | 99.7% | 918.8 / NA | 389 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (206/181); total (208/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,654,071 | 0 | C | G | 99.5% | 924.8 / NA | 389 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (206/179); minor base T (0/2); total (208/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 389 total aligned reads displayed.
TGGCTGCGGCCGGTGTTGGTTTTAGCGTTACGTTAATCTTGTTGATTGGGCTTTGGGCGTTGATGTGCTACACGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGAGCGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTAGTCTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTATTTTTCTGGTGGTAATGCTGGTACTACTGCTGCCGCATATTCACAAAGTGAATCTTTTAACCCTGCCGTTGCAACAGGGGCTGGCTCTGTCTGCAATCCCGGTGATTTTTACGAGCTTTGGTTTTCACGGTAGCGTGCCGAGTATTGTCAGCTATATGGATGGCAACATTCGT > CP042583/1653791‑1654350 ||| aGCGTTACGTTAATCTTGTTGATTGGGCTTTGGGCGTTGATGTGCTACACGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCCGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTttg > 2:2877292/1‑289 (MQ=255) gggggTTTGGGCGTTGTAGTGTTACACGAGGCTATTACTGCTGGGGGGGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACAGCAGCGGTGCCGGTGAATTGTGGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTgtgt < 2:16159/287‑1 (MQ=255) gtgCTACACGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGat < 1:2877292/289‑1 (MQ=255) cGGCGCTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCg < 1:892645/222‑1 (MQ=255) cgcTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTgtgt < 1:1000798/259‑1 (MQ=255) cgcTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTgtgt < 2:1364947/259‑1 (MQ=255) cgcTATTACTGCTGGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCg > 1:2218419/1‑289 (MQ=255) tgctgGAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGtt < 1:1018564/289‑1 (MQ=255) ggAGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGt > 1:2254940/1‑240 (MQ=255) aGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTg < 2:2249601/206‑1 (MQ=255) aGGTGTACCAGCATGTTCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAgcg > 1:3041073/1‑288 (MQ=255) ttCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAAcc < 1:2893233/258‑1 (MQ=255) ttCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTATTTTTCt < 2:1175664/289‑1 (MQ=255) tCCGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTATTTTTCt < 2:1923417/288‑1 (MQ=255) ccGGCAGATACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCAAGATTATTTTTCtgg > 1:1220010/1‑289 (MQ=255) tACCGGTCTGGGCACGCTGGCAAAACGCTATCTGGGACGCTACGGTCAATGGCTGACGGGCTTCAGTATGATGTTCTTAATGTATGCTCTGACTGCGGCATACATCAGCGGTGCCGGTGAATTGTTGGCCTCCAGCATCAGCGACTGGACAGGTATTTCTATGTCGGCAACCGCTGGCGTGCTGTTGTTCACTTTTGTTGCCGGTGGCGTGGTTTGTGTCGGAACTTCACTGGTCGATTTATTTAACCGTTTTCTGTTCAGCGCCaa > 1:1365497/1‑267 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |