| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,661,438 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,661,438 | 0 | A | T | 100.0% | 761.8 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (164/151); total (164/151) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,661,439 | 0 | G | C | 99.7% | 755.4 / ‑4.8 | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (164/150); minor base T (0/1); total (164/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,661,440 | 0 | T | A | 100.0% | 764.3 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (164/151); total (164/151) | |||||||||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
ATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATACCTACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGAGTACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATAGTCAGCGCCCTAGTGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTA > CP042583/1661159‑1661719 ||| tATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATACCTACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGAttatta > 1:1231518/1‑285 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |